سكان جنوب السودان لديها خيار لمواصلة التعليم العالي في أي جامعة أو مدرسة مهنية. على الرغم من وجود نقص في كلتا المؤسستين، العديد من البرامج المعمول بها لتوسيع المشهد الحالي للتعليم العالي في جنوب السودان.

شهادة الدراسات العليا هو برنامج تعليمي قصيرة نسبيا التي يمكن أن يحصل عليها الطلاب الذين لديهم بالفعل على درجة منتسبا أو البكالوريوس. من خلال استكمال هذا البرنامج الأكاديمي، الطلاب على تحسين المعرفة المتخصصة، وأنها قد تكون قادرة على كسب المزيد من المال في أداء وظائفهم.