سكان جنوب السودان لديها خيار لمواصلة التعليم العالي في أي جامعة أو مدرسة مهنية. على الرغم من وجود نقص في كلتا المؤسستين، العديد من البرامج المعمول بها لتوسيع المشهد الحالي للتعليم العالي في جنوب السودان.

برنامج الماجستير عبارة عن درجة مركزة تتم دراستها خلال عامين من دراسة المواد الدراسية، وحضور المحاضرات، والبحث، وأحيانا يتطلب الأمر كتابة أطروحة. يسمح هذا البرنامج الدراسي المتقدم للطلاب بمزيد من التخصص في مجال معين.