سكان جنوب السودان لديها خيار لمواصلة التعليم العالي في أي جامعة أو مدرسة مهنية. على الرغم من وجود نقص في كلتا المؤسستين، العديد من البرامج المعمول بها لتوسيع المشهد الحالي للتعليم العالي في جنوب السودان.

درجة الماجستير برنامج أكاديمي متقدم تستغرق دراسته عامين من الدراسة بدوام كامل، وتتطلب دراستها الحصول على درجة البكالوريوس. يساعد الحصول على درجة الماجستير الطلاب في تحقيق أهدافهم التعليمية ووضعهم على الطريق نحو تحقيق أهدافهم المهنية أيضا.